学校于1995年成立综合档案室，建制为正科级，隶属于校长办公室领导。在校长的统一领导下做好档案工作。2004年，学校综合档案室在行政管理上并入图书馆。2007年12月，根据学校工作发展的需要，学校成立档案馆（玉师院党【2007】29），档案馆与图书馆合署办公，实行“一套班子，两块牌子”管理体制，档案馆设馆长一人由图书馆馆长兼任，一级主管1人，三级主管1人。档案人员目前共计36人，其中专职人员2人，一人具有副高专业技术职称，兼职档案员31人。
      馆舍面积359.38平米，设有档案库房、实物陈列室、阅文室、办公室。目前库藏档案7128卷、23751件。档案馆配置有密集架、展柜、计算机、扫描仪、复印机、打印机、数码相机等设备。已经完成库藏档案案卷级、文件级条目录入73897条，截至2013年已 经完成全文扫描20430件计294075页。2008-2012年接收进馆的电子档案10385件155621页。声像档案50盘；照片1345张；实物733件。
       档案馆每年经费的安排按项目申报，学校统筹安排。大的项目投入本着逐年投入的原则。2008年购置了云南大学开发的档案管理“文档一体化”软件进行管理，2013年更新为“南大之星”。 学校升本以来对档案工作不断增加投入和加强管理，档案工作实现了制度化、规范化管理，数字档案馆建设工作正在积极建设中。1999年2月，国家档案局授予玉溪师范高等专科学校“档案工作管理国家二级”荣誉证书。2008年7月学校档案馆通过了档案工作规范管理“八项工程”考核验收，荣获云南省“五星级”单位称号。2012年11月被评为云南省高校档案工作先进集体。2013年11月学校档案馆被评估认定为云南省企事业单位档案工作规范化管理示范单位。